クロレラは健康食品の一種であり、医薬品ではないので副作用とは言いませんが、クロレラを摂取する事で体に何らかの症状が出る場合があります。よく言われる症状として、嘔吐や下痢、また湿疹が生じたと言われますが、一般的は副作用のような症状が現れる事は、ほとんどないとされています。
特に胃腸が弱い人が下痢や、胃の不快感による嘔吐等を生じるとされていますが、胃がからっぽの時は避けて食後に飲むようにしたり、クロレラが錠剤の場合は消化をより良くする為に粉末にしたり、1回で飲む量を規定量よりも減らすなどで改善する事が出来ると言われています。また、食物繊維が豊富に含まれている為か、ガスが出やすくもなるようです。
クロレラは高タンパク食品なので、食品アレルギーを持つ人で、タンパク質アレルギーがある場合は、湿疹や吹き出が出来てかゆみが生じる事もあります。
クロレラの光合成成分のクロロフィルは、体内で分解される際に、副産物としてフェオフォルバイトが生産され過去に光過敏症による被害が出てしまいました。現在では、この光過敏症の対策が取られ、光過敏症をおこす事がないよう厚生省がフェオホルバイドの含有量を定めています。光過敏症は皮膚疾患の一種で、日光を浴びる事で火傷のような症状が生じます。
他にクロレラはビタミンKも豊富に含んでいるので、ワーファリンという動脈硬化を予防する薬を飲んでいる人は、飲用を控えた方がいいと言われています。