クロレラといっても天然の植物なので、その種類は20種類以上もあり、生産方法などはその種類によって異なります。一般的に有名なクロレラの品種は、ブルガリス種、エルプソイデア種、ミニアータ種、ピレノイドサ種、レギラリス種などがあり、これらの種類は食用として利用されています。
クロレラは種の中には、さらに株があります。株は品種や銘柄と同じで、株の違いによって、内容成分や健康食としての効果等が異なってきます。
クロレラの種類の違いは、錠剤や健康食品に加工してしまうと、違いはほとんどないといわれますが、それぞれに特長を残しています。同じクロレラという商品であっても、クロレラの品種によってはクロレラが持つ特有の効果が、得られないとされるものもあります。
日本で培養で生産されるクロレラのほとんどはブルガリス種で、台湾で生産されるクロレラの多くはピレノイドサ種です。
日本で主に生産されているクロレラのブルガリス種は、一般に細胞膜分厚く細胞膜を破砕しないと消化吸収が困難と言われるクロレラに対して、細胞膜が薄く消化吸収されやすいという特徴を持っています。クロレラの特徴である、タンパク質やビタミン類、ミネラル類という様々な栄養素を含み、豊富な食物繊維やアミノ酸等もバランスよく含んでいます。
ブルガリス種はクロレラ特有の生理活性物質であるCGFも含まれていて、ソ連の原発事故の際は、放射能治療薬としても使用されました。